Azonban, kellő figyelmet kell fordítani annak megítélésére, hogy mikor van szükség az antibiotikumok használatára, különösen az őszi, hűvös időben, amikor a gyakran előforduló vírusfertőzések könnyen összetéveszthetők a bakteriális megbetegedésekkel. Nem szabad szem elől téveszteni, hogy az antibiotikumok felelőtlen és indokolatlan alkalmazása komoly következményeket von maga után.
Az antibiotikumok története az ókorig, az egyiptomi és görög birodalom koráig vezethető vissza, amikor a különböző fertőző betegségeket penésszel és növényi eredetű összetevőkből álló oldatokkal kezelték. Erre a jelenségre 1928-ban Alexander Fleming adott magyarázatot, aki részletesen tanulmányozta a penészgomba baktériumölő hatását és kivonta hatóanyagát – így előállítva az első antibiotikumot, a penicillint. Ezzel a felfedezéssel megkezdődött az antibiotikumok fénykora, és a következő évtizedekben több száz antibakteriális hatású vegyületet állítottak elő, úgy természetes, mint szintetikus anyagokból.
Az antibiotikumok a fertőzések hatékony gyógykezelésében kifejtett kiemelkedő szerepe mellett nem szabad szem elől téveszteni ezen gyógyszercsoport mellékhatásait sem. Az új gyógyszerek bevezetését mindenképpen szigorú vizsgálatok előzik meg, amelyek feltérképezik a várható negatív hatásokat is, így az antibakteriális orvosságok bevezetése előtt számításba kell venni az esetleges mellékhatásokat is. A leggyakoribb káros hatások közé tartoznak az allergiás reakciók, láz, bélflóra károsodása, gombás fertőzések megjelenése, hasmenés, bélgyulladás. Az emésztőszervrendszert érintő mellékhatások elkerülése érdekében ajánlott probiotikum alkalmazása. Az antibiotikumok által kiváltott szervi mérgezések ritkábban fordulnak elő, azonban egyes képviselők súlyos vese-, illetve halláskárosodást okozhatnak. Ezen gyógyszercsoport használata során figyelni kell a másik orvosságokkal történő kölcsönhatásokra, és több gyógyszer egyidejű alkalmazása esetén a dózist korrigálni kell.
Az antibiotikumok feltalálását követő kezdeti lelkesedés az utóbbi időben hanyatlani látszik, ugyanis a klinikai orvosok számára egyre nagyobb kihívást jelent az antibiotikum-ellenállás. Ez a jelenség a baktériumok azon képességét jelenti, hogy ellenállnak bizonyos antibiotikum-csoportoknak, és hátterében az antibakteriális gyógyszerek túlzott és nem racionális alkalmazása áll. A különböző baktériumok génállományában mutáció jön létre és ennek következtében bizonyos fajok ellenállóbbak lesznek az antibiotikumokkal szemben. Milvel azok a baktériumok, amelyek továbbra is érzékenyek az adott antibiotikumra elpusztulnak, az ellenállók pedig tovább szaporodnak, rövid időn belül már csak olyan fajok maradnak, amelyek rezisztensek bizonyos antibakteriális gyógyszerekre. Ez a jelenség jelentősen megnehezíti a klinikai munkát és napjainkban az intenzív terápia egyik legnagyobb kihívásának tekinthető. Egyre gyakrabban találkozunk a multirezisztens kiejezéssel, amelynek értelmében az adott bektériumfaj több antibiotikummal, illetve antibiotikum csoporttal szemben ellenálló. Szeptikus betegek esetében a helyzet tovább komplikálódik, és az esetek többségében az úgynevezett rezerva antibiotikumokat szükséges alkalmazni, amelyeket csak a legsúlyosabb, ellenálló baktériumok elleni harcban szabad használni. Amennyiben lehetséges, szükséges a fertőzés okozóját azonosítani és laboratóriumi vizsgálatok által megtudni, hogy melyik antibiotikumokra érzékeny, így a terápiát ennek függvényében alakítani. Azonban, ez gyakran nem lehetséges, ugyanis az elemzések (antibiogram) véglegesítéséig több nap is eltellhet, így a gyógykezelés kezdeti fázisa az esetek túlnyomó többségében a korábbi klinikai tapasztalaton alapul.
Jelenleg az orvostudomány egyik legégetőbb problémájának az tekinthető, hogy a rezisztens baktériumfajok száma egyre növekszik, új antibiotikumok pedig rendkívül ritkán jelennek meg. A rohamosan előrehaladó antibiotikum-rezisztencia megfékezésének érdekében ajánlott komolyan venni az antibiotikumok racionális alkalmazását és így hozzájárulni a folyamat lassításához.