Jávorka Sándor 1883. március 12-én Hegybányán született, ahol apja falusi kovácsmester, anyja pedig egyszerű parasztasszony volt. Apja korai halálával az édesanyja 6 gyermekével egyedül maradt, és ettől kezdve Sándor tanítva és dolgozva, saját erejéből végezte középiskolai tanulmányait Selmecbányán, és közben még édesanyját is segítette. Az egyetemi tanulmányait is hasonló módon, részben ösztöndíjasként a budapesti Tudományegyetemen végezte. 1905-ben lépett be élete első és egyetlen munkahelyére, a Magyar Nemzeti Múzeumba, illetve a Természettudományi Múzeum Növénytárába. 1906-ban növénytanból védte meg doktori értekezését.
1919-ben, a Tanácsköztársaság idején a Növénytár vezetőjévé nevezték ki. A Tanácsköztársaság bukása után megfosztották vezetői funkciójától és munkatárssá minősítették vissza, majd csak 1934-ben lett újra a tár igazgatója egész 1940-ig, nyugalomba vonulásáig. 1936-ban a Magyar Tudományos Akadémia a levelező tagjai közé, majd 1943-ban rendes taggá választotta. Még nyugállományba vonulása után is húsz éven át naponta rendszeresen bejárt a Növénytárba dolgozni.
Tudományos munkásságát még egyetemi hallgató korában kezdte meg. A "Hazai Onosma fajaink" című doktori értekezésének értékét, amely a múzeumi Annalesben jelent meg, bizonyítja, hogy húsz évvel később a The Journal of Botany angol fordításban szó szerint újra kinyomtatta. 60 éves munkássága alatt, fiatal korától kezdve élete utolsó éveiig, rendszeresen gyűjtött, kutatott a terepen, amelyen 2200 napot töltött, és ennek során 22 000 lapnyi herbáriumanyagot gyűjtött össze. 120 új növényt fedezett fel és írt le. Az ő nevét 40 virágos és virágtalan taxon őrzi, köztük a Kubában legújabban felfedezett Rubiaceae-nemzettség: a Javorkaea.
Tervszerűen bejárta és tanulmányozta a Kárpátok egész vonulatának növényvilágát. Sokat járt az Al-Dunán, a Tátrában, a Dunántúlon és az Alföld összes tájain. A Magyar Tudományos Akadémia megbízásából növénytani kutatásokat folytatott Albániában (ahol kétszer is járt, 1918-ban, majd 1955-ben), Bulgáriában, Csehszlovákiában, Ausztriában, Olaszországban és Svájcban.
Jávorka több mint 220 publikációjának többsége florisztikával, a rendszertannal és a chorológiával foglalkozik, a Kárpát-medence, az Alpok, Albánia, Jugoszlávia és Bulgária területével kapcsolatban. Két évtizedes fáradhatatlan terepi és múzeumi kutatómunkájának az eredménye az 1400 oldalas "Magyar flóra" (Flora Hungaricae), vagy ahogy minden botanikus nevezi: a nagy Jávorka. E műve, melyben a kiváló illusztrálótárs, Csapody Vera első morfológiai rajzai jelennek meg, a magyar flórakutatás mérföldköveként a Kárpát-medence valamennyi magasabb rendű fajának kritikai áttekintését adja. E mű szerves kiegészítőjeként jelent meg Jávorka Sándor tudományos és Csapody Vera művészi képességeinek összefogásából1934-ben az Iconographia Florae Hungaricae több mint 4000 növény pontos, hű rajzával, amely a maga nemében az egész európai botanikai irodalom egyik legértékesebb terméke. Ezek a művek a Duna menti országok kutatói számára nélkülözhetetlen forrásmunkák. A Magyar Tudományos Akadémia 1975-ben fakszimile kiadásban újra megjelentette a Jávorka-Csapody képes flórát megváltoztatott címmel: Iconographia florae part is austro-orientalis Europae Centralis, melyet a nemzetközi könyvpiacon szétkapkodtak!
1926-36 között feldolgozta és publikálta a kétszáz évvel korábbi nagy elődjének, Kitaibel Pálnak, a magyar Linnének a herbáriumát, majd 1957-ben szintézisben értékelte élete munkásságát. Csapody Verának élethű illusztrációival jelentek meg közel negyven éven át a Kis növényhatározók, majd a népszerű Erdő-mező virágai és a Magyarország gyógynövényei. Az Erdő-mező virágai című népszerűsítő műve négy kiadásban és százezres példányszámban jelent meg és kelt el.
Jávorka szerkesztette a Botanikai Közleményeket, majd az Acta Botanica Hungarica-t. Egyik megalapítója és haláláig vezetője, valamint írója is a Magyarország Kultúrflórája sorozatnak. Magyar munkatársa volt az angliai Flora Europea bizottságnak. 1952-ben Kossuth-díjjal tüntették ki. Élete fő értelmét a tudományos munkában látta, melyet népe és az egész emberiség szolgálatába állított. 1961. szeptember 28-án hunyt el, de a tőle és róla elnevezett növények nevében halálán túl is élni fog.